Die Rauhhautfledermaus ist die Geschwisterart der Zwergfledermaus und mit dieser leicht zu verwechseln.

Auch die Rauhhautfledermaus ist mit einer Körperlänge von 40 bis 50 mm zu den kleinen Fledermausarten zu rechnen. Sie erreicht ein Gewicht von vier bis neun Gramm und eine Flügelspannweite von 230 bis 250 mm.

Im Flug erscheint sie etwas größer als ein Zaunkönig. Ein sicheres Unterscheidungsmerkmal ist die Länge des 5. Fingers, der den Flügel aufspannt und die Länge des Unterarmes. Beide Maße sind größer als bei der Zwergfledermaus.

Von dieser unterscheidet sich die Rauhhautfledermaus auch durch die etwas kontrastreichere Färbung. Zwar ist das Rückenfell ebenso braun wie bei den „Zwergen“, doch hat die Rauhhautfledermaus im Gegensatz zu diesen ein deutlich heller braun gefärbtes Bauchfell. Auch die Jagdweise ist anders.

„Rauhhäute“ sind sehr gute Flieger, die im schnellen Jagdflug entlang von Waldrändern und über Gewässern dahinjagen und kleine Insekten erbeuten. Sie fliegen in einer Höhe von fünf bis zehn Metern.

Genau wie der Große Abendsegler legt auch sie während des Zuges sehr weite Strecken von über 1000 Kilometern zurück, um zwischen den Sommerlebensräumen im Osten Europas zu den Überwinterungsgebieten in Mitteleuropa zu gelangen. Von der Rauhhautfledermaus ist neuerdings eine Wochenstuben in NRW bekannt geworden.

Sie fällt besonders im Herbst auf, da zu dieser Zeit die Männchen einzelne Baumhöhlen oder Fledermauskästen besetzen und durch Balzlaute, die auch für Menschen hörbar sind, Weibchen anlocken, um sich mit diesen zu paaren.